本发明提供一种具有抗菌功能的聚酯纤维的制备方法,具体步骤是:(1)异氰酸酯改性的负离子粉的制备,在容器中加入100份的负离子矿粉,搅拌升温至120℃维持30-60min,后在高速搅拌下加入1-5份的异氰酸酯,在100-120℃温度下继续反应30-60min后即得异氰酸酯改性的负离子粉,备用,(2)聚酯纤维的制备,在酯化反应釜中加入100份的PTA、40-60份的乙二醇、0.2-2份的复合钛系催化剂,搅拌均匀后先在酯化温度200-230℃下反应30-60min,继续升温至250-260℃压反应30-60min,然后加入1-5份的异氰酸酯改性的负离子粉在真空度30-100Pa下反应4-5h,直至酸值小于0.5mg KOH/g得聚酯树脂,再经纺丝得聚酯纤维,本产品具有永久的抗菌功能。